]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Intercistronic regions.
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 11 Sep 2019 01:32:44 +0000 (10:32 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 11 Sep 2019 01:32:44 +0000 (10:32 +0900)
biblio/15314184.mdwn
tags/Oikopleura.mdwn

index b45e7b363b4945243edc11248ce5d98c0718c0a2..f03ae638e81e3686e694595df8d572c23cf38e96 100644 (file)
@@ -7,4 +7,4 @@ Mol Cell Biol. 2004 Sep;24(17):7795-805. doi:10.1128/MCB.24.17.7795-7805.2004
 
 Spliced-Leader RNA trans Splicing in a Chordate, Oikopleura dioica, with a Compact Genome.
 
-[[!pmid 15314184 desc="5′ splice leader (SL) found in 90/158 ESTs containing a start codon.  The SL RNA is found downstream of the 5S RNA in at least 40 occurences, and aproximately 2/3 of all the 5S rRNA genes.  Its sequence is ACTCATCCCATTTTTGAGTCCGATTTCGATTGTCTAACAG. O. doica is the first chordate where gene operons have been described."]]
+[[!pmid 15314184 desc="5′ splice leader (SL) found in 90/158 ESTs containing a start codon.  The SL RNA is found downstream of the 5S RNA in at least 40 occurences, and aproximately 2/3 of all the 5S rRNA genes.  Its sequence is ACTCATCCCATTTTTGAGTCCGATTTCGATTGTCTAACAG. O. doica is the first chordate where gene operons have been described.  Intercistronic regions are very short (<30 nt)."]]
index 116075fa7ee09f6d7fa3b357b50174e66d01fab5..8aed996e17445bf8a7c179abaff5b216684bd01f 100644 (file)
@@ -236,8 +236,8 @@ Transcriptome
  - O. dioica is the first chordate where gene operons have been described.  A
    40-nt 5′ [[splice leader|tags/trans-splicing]] (SL) bearing a trimethylated cap is found in some RNAs.
    The SL gene is found downstream of the 5S RNA gene, which is repeated multiple
-   times in the genome.  The 3′ acceptor site has a strong UUU(C/U/A)AG consensus
-   ([[Ganot et al., 2004|biblio/15314184]]).
+   times in the genome.  The 3′ acceptor site has a strong UUU(C/U/A)AG consensus.
+   Reported intercistronic regions are short (<30 nt) ([[Ganot et al., 2004|biblio/15314184]]).
  - The splice leader found in the Norwegian strain by ([[Ganot et al., 2004|biblio/15314184]])
    was found indentical in a Japanese strain by ([[Wang and coll., 2015|biblio/26032664]]).
  - A study using CAGE found that 39% of annotated gene models are trans-spliced with the