]> source.charles.plessy.org Git - source/.git/commitdiff
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authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 9 Dec 2020 05:21:46 +0000 (14:21 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 9 Dec 2020 05:21:46 +0000 (14:21 +0900)
biblio/32661437.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/automation.mdwn

diff --git a/biblio/32661437.mdwn b/biblio/32661437.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1f0a37b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Automated design of thousands of nonrepetitive parts for engineering stable genetic systems."]]
+[[!tag synthetic]]
+
+Hossain A, Lopez E, Halper SM, Cetnar DP, Reis AC, Strickland D, Klavins E, Salis HM.
+
+Nat Biotechnol. 2020 Dec;38(12):1466-1475. doi: 10.1038/s41587-020-0584-2
+
+Automated design of thousands of nonrepetitive parts for engineering stable genetic systems.
+
+[[!pmid 32661437 desc="To avoid homologous recombinations, synthetic parts of a genome that have the same function (promoter, ...) need to have a different sequence.  Constructing a set of functional synthetic sequences that never share k-mers of a given length (10 to 20) is difficult because the graph of related sequences is very dense.  Therefore, the authors have optimised an algorithm for very dense graph."]]
index 082ef04ba5a09b4e1f9804e611593a8d15464191..fd4fcf0bb98f7e96a7ef19c9dec55ed597aa7166 100644 (file)
@@ -8,4 +8,6 @@ Computational planning of the synthesis of complex natural products. ([[Mikulak-
 
 The use of laboratory automation in synthetic biology studied by a sociologist: [[Meckin 2020|biblio/32904024]].
 
+Synthetic sequences that have the same function in a genome need to differ from each other, to prevent from spurious homologous recombinations.  Hossain and coll ([[2020|biblio/32661437]]) optimised an algorithm for producing libraries of "nonrepetitive" elements such as promoters.
+
 [[!inline pages="tagged(automation)" limit=0]]