]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Kiwi
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 22 Nov 2021 09:08:35 +0000 (18:08 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 22 Nov 2021 09:08:35 +0000 (18:08 +0900)
biblio/34320186.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/assembly.mdwn

diff --git a/biblio/34320186.mdwn b/biblio/34320186.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4a4d3a3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes."]]
+[[!tag annotation software]]
+
+Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM.
+
+Mol Biol Evol. 2021 Sep 27;38(10):4647-4654. doi:10.1093/molbev/msab199
+
+BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes. 
+
+[[!pmid 34320186 desc="Based on OrthoDB v10.  Uses MetaEuk by default on eukaryotes, but AUGUSTUS is still available."]]
index 0ed2af287ea5c531015c21e07b63fab5bd317250..24b4f29f5e5c31683f1f6055f541bf3eee258c7b 100644 (file)
@@ -80,12 +80,14 @@ interactive browsing with D-GENIES ([[Cabanettes and Klopp
 2018|biblio/29888139]]).
 
 BUSCO ([[Simão and coll., 2015|biblio/26059717]], [[Waterhouse and coll.,
-2017|biblio/29220515]]) assesses the presence of evolutionary conserved single-copy
-genes in the assemblies.  Seppey, Manni and Zdobnov EM ([[2019|biblio/31020564]])
-wrote a good introduction in _Methods Mol Biol_.
-
-BUSCO uses AUGUSTUS, and AUGUSTUS can be trained for a new species with
-transcriptome data, as explained by [[Hoff and Stanke, 2018|biblio/30466165]].
+2017|biblio/29220515]]) assesses the presence of evolutionary conserved
+single-copy genes in the assemblies.  Seppey, Manni and Zdobnov EM
+([[2019|biblio/31020564]]) wrote a good introduction in _Methods Mol Biol_.
+BUSCO v5 is based on OrthoDB v10, and support MetaEuk (default) and AUGUSTUS
+for eukaryotes [[Manni and coll., 2021|biblio/34320186]].
+
+AUGUSTUS can be trained for a new species with transcriptome data, as explained
+by [[Hoff and Stanke, 2018|biblio/30466165]].
 
 A reference assembly can be used to search for structural variants in a different
 individual, for instance with NanoSV ([[Cretu Stancu and coll., 2017|biblio/29109544]]).