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authorCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Wed, 31 Jan 2018 03:37:00 +0000 (12:37 +0900)
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index 587bb3ed6105dcadd5709f188510938f8f42f955..84b9deb56d31c9b7d1ecb8d9bb7b0bb658a1e9db 100644 (file)
@@ -4,18 +4,6 @@ Nature 430, 85 - 88 (01 July 2004); doi:10.1038/nature02698
 Evolutionary changes in cis and trans gene regulation 
 PATRICIA J. WITTKOPP, BELINDA K. HAERUM & ANDREW G. CLARK 
 
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-Nature 411, 41 - 42 (03 May 2001); doi:10.1038/35075138  
-Lethality and centrality in protein networks 
-The most highly connected proteins in the cell are the most important for its survival. 
-
-
-Nature \ 430, 88 - 93 (01 July 2004); doi:10.1038/nature02555
-Nature AOP, published online 9 June 2004
-Evidence for dynamically organized modularity in the yeast proteinprotein interaction network 
-JING-DONG J. HAN1, NICOLAS BERTIN1, TONG HAO1, DEBRA S. GOLDBERG2, GABRIEL F. BERRIZ2, LAN V. ZHANG2, DENIS DUPUY1, ALBERTHA J. M. WALHOUT1,*, MICHAEL E. CUSICK1, FREDERICK P. ROTH2 & MARC VIDAL1 
-
-
 1557406
 Adds a second round of amplification
 
@@ -103,9 +91,6 @@ Apical localisation increases the robustness of development (more segmenatal def
 14732405 [promoters]
 Pax6 has at least two transcription start sites.
 
-15196954 [enhancers] [review]
-Gene networks.
-
 15379890 [alternative promoters]
 RLM-RACE to identify variants. CHIP to confirm TBP on TATA-less promoters. Luciferase assays to confirm new promoters.
 
@@ -386,9 +371,6 @@ Usage of "Bayes Error Rate" instead of a cutoff on p-values. R packaged availabl
 16103215 [misc]
 Supports the idea that the only function of some RNA is to have been transcribed.
 
-16094371 [networks]
-Functional validation.
-
 16077029 [misc]
 Suppressive PCR allows the use of one gene-specific primer, and one random primer. Asymetric cloning is the second safeguard against background.
 
@@ -404,9 +386,6 @@ Sequence surrounding UCRs might regulate negatively their activity.
 16141073 [genome]
 S/AS pairs usually show positive correlation of their expression.
 
-16168087 [networks]
-Different collaboration network in different research consortiums.
-
 16120967 [enzymes]
 Apparently, only one of the two head-to-head sites is cut...
 
@@ -416,9 +395,6 @@ When a group of TFs have more than one Transfac entry, only the most over-repres
 11842121 [mining]
 Normalisation between print tips.
 
-16141248 [networks]
-Primary paper for the GeneNT R library. Clustering using direct and shortest-path distances.
-
 16227618 [mirna]
 The intergenic transcripts do not seem to be polymerised by pol IV
 
@@ -713,9 +689,6 @@ ChIp, then extraction of tags.
 15582152 [misc]
 No correlation between in situ expression pattern and gene ontology in the brain.
 
-17470793 [networks]
-[not read] Reshaping of networks to a tree-like structure using renormalisation.
-
 17405768 [microfluidics]
 Cycling 100 times (94°C for 30 s, 55°C for 30 s, and 72°C for 60 s) in 0.1% DDM, x1 Pfu Buffer before use improves product yield.
 
@@ -740,9 +713,6 @@ Transcription of 5' fragments was detected on promoters of genes which produce l
 11328886 [pcr]
 Method of normalisation taking PCR efficiency into account.
 
-17609372 [networks]
-Disease network.
-
 17550599 [enhancers]
 35 % of conserved Drosophila enhancers are transcribed (as detected by tiling arrays).
 
@@ -815,9 +785,6 @@ Identifies specific genes of neurons, astrocytes and oligodendrocytes.
 18195365 [misc]
 After 10 weeks, elevated DNA strand break levels are detected in the sperm DNA of mice raised near a highway or a steel factory, but not in controls breezing the same but filtered air.
 
-16902134 [networks]
-Behavioral graph coloring
-
 16449203 [enzymes]
 2'OMe RNAs can not be polyadenylated in vitro.
 
@@ -851,9 +818,6 @@ Two genes of opposite expression profiles define a "top scoring pair", and are u
 18369765 [microfluidics]
 Another implementation of the revese-transcription on beads.
 
-18362361 [networks]
-[not read] Algorithm to transform a time serie into a graph.
-
 18417536 [enhancers]
 First report of a conserved enhancer in a coding sequence ?