]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Café
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 8 Apr 2019 03:56:32 +0000 (12:56 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 8 Apr 2019 03:56:32 +0000 (12:56 +0900)
biblio/30890163.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/LAST.mdwn

diff --git a/biblio/30890163.mdwn b/biblio/30890163.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c24f060
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Tandem-genotypes: robust detection of tandem repeat expansions from long DNA reads."]]
+[[!tag LAST alignment repeat]]
+
+Mitsuhashi S, Frith MC, Mizuguchi T, Miyatake S, Toyota T, Adachi H, Oma Y, Kino Y, Mitsuhashi H, Matsumoto N.
+
+Genome Biol. 2019 Mar 19;20(1):58. doi:10.1186/s13059-019-1667-6
+
+Tandem-genotypes: robust detection of tandem repeat expansions from long DNA reads.
+
+[[!pmid 30890163 desc="Primary paper for the `tandem-genotypes` tool.  Be sure to compar both strands to prevent confusion between alleles and sequencer-specific biases."]]
index bbe708a0cb7e6830a34a0df45a377d990ff8dfef..463ab23507d6330e4016376ec0528fe1d8eb3e21 100644 (file)
@@ -13,4 +13,7 @@ _bibliography in progress..._
    and display of rearrangements supported by multiple long reads and by the
    ancestrality of the reference sequence.
 
+ - `tandem-genotypes` ([[Mitsuhashi and coll., 2019|biblio/30890163]]): detection
+   of expansion of tandem repeats, after alignment with `last-split`.
+
 [[!inline pages="tagged(LAST)" actions="no" limit=0]]