]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
One more chr with an outlying GC content.
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 1 Sep 2022 02:44:51 +0000 (11:44 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 1 Sep 2022 02:44:51 +0000 (11:44 +0900)
biblio/35387384.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/chromosome.mdwn

diff --git a/biblio/35387384.mdwn b/biblio/35387384.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2417db0
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="High quality genome assembly of the anhydrobiotic midge provides insights on a single chromosome-based emergence of extreme desiccation tolerance."]]
+[[!tag chromosome]]
+
+Yoshida Y, Shaikhutdinov N, Kozlova O, Itoh M, Tagami M, Murata M, Nishiyori-Sueki H, Kojima-Ishiyama M, Noma S, Cherkasov A, Gazizova G, Nasibullina A, Deviatiiarov R, Shagimardanova E, Ryabova A, Yamaguchi K, Bino T, Shigenobu S, Tokumoto S, Miyata Y, Cornette R, Yamada TG, Funahashi A, Tomita M, Gusev O, Kikawada T.
+
+NAR Genom Bioinform. 2022 Apr 5;4(2):lqac029. doi:10.1093/nargab/lqac029
+
+High quality genome assembly of the anhydrobiotic midge provides insights on a single chromosome-based emergence of extreme desiccation tolerance.
+
+[[!pmid 35387384 desc="Sleeping chironomid _Polypedilum vanderplanki_.  Resists dessication.  Its chr4, and the genes it encodes has a lower GC content than the others.  Chr4 harbors genes and loci related to resistance to dehydratation.  “One element that may have caused the diversity in Chromosome 4 is DNA damage. We have previously observed extensive DNA damage during larvae anhydrobiosis and the induction of Rad51, an activator of double strand break repair during recovery”  Discusses that preference for NHEJ might have caused decrease of GC content."]]
index fa84507388eeb00f4c0bb6e6f9e9c4fbb4ef4b3f..288710cd86c7e04fa59c6d0b6e885f1dfdb5a15e 100644 (file)
@@ -2,9 +2,14 @@
 
 _in progressss_
 
+## GC content heterogeneity
+
 Two (out of 20) chromosomes in the genome of the unicellular green alga
 _Ostreococcus tauri_ have a markedly different GC and transposable element
 content compared to the others. [[Derelle et al., 2003|biblio/16868079]].
 
+Chr4 in _Polypedilum vanderplanki_ has lower GC content than the others
+([[Yoshida et al., 2022|biblio/35387384]]), and it has been speculated that it
+could have been caused by DNA damage.
 
 [[!inline pages="tagged(chromosome)" limit=0]]