Brouillon d'article.

diff --git a/Debian/debiâneries/bioperl-et-tests.mdwn b/Debian/debiâneries/bioperl-et-tests.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4dae411
--- /dev/null
+++ b/Debian/debiâneries/bioperl-et-tests.mdwn
@@ -0,0 +1,56 @@
+[[!meta date="Tue, 28 Jun 2011 08:36:34 +0900"]]
+[[!meta updated="Tue, 28 Jun 2011 08:36:34 +0900"]]
+[[!tag Debian brouillon]]
+
+[[!meta title="BioPerl et tests de régression"]]
+
+Il y a deux semaines, j'ai mis à jour les paquets contentants les modules
+BioPerl [[!debpkg bioperl]] et [[!debpkg bioperl-run]], ce qui a permi de
+continuer le travail sur [[!debpkg gbrowse]], l'une des [[gbrowse navigateurs
+de génome]] disponibles dans Debian.
+
+Comme beaucoup de modules Perl, BioPerl est accompagné d'une batterie de tests
+de régression.  Certains d'entre eux néecssitent un connection à des services
+externes, et sont donc désactivés par défaut car l'accès à l'Internet n'est pas
+garanti dans notre [ferme de construction](http://buildd.debian.org).  Ils sont
+néanmoins exécutables en passant l'option
+[DEB_MAINTAINER_MODE](http://lists.debian.org/debian-perl/2009/09/msg00044.html)
+lors de la construction du paquet.
+
+BioPerl passe avec succès tous les tests hors-ligne, et une partie des erreurs
+en ligne est déjà corrigée dans la [branche de
+dévelopment](https://github.com/bioperl/bioperl-live).  Au contraire,
+BioPerl-Run échoue sur les tests Bowtie, DBA, EMBOSS, Genewise, Hmmer, PAML,
+SABlastPlus, TCoffee et gmap-run.  Dans certains cas comme EMBOSS, c'est parce
+qu'un programme a été renommé dans Debian.  Dans d'autres, en particulier
+[[!debpkg wise DBA et Genewise]], il est beaucoup plus difficile de déterminer
+de quel côté est le problème.
+
+Les tests de régression sont essentiels pour déterminer si un paquet fonctionne
+ou non sur les plate-formes autres que celles utilisées par l'empaqueteur
+(amd64 dans mon cas).  Même les plus simples peuvent être utiles.  Dans le
+cas de [[!debpkg t-coffee]], qui fournit un test très simple que j'ai activé
+récemment, cela a montré que les paquets distribués actuellement pour armel
+[[!debbug 631249 desc="ne fonctionnent pas du tout"].
+
+Exécuter les tests de régression durant la construction du paquet comporte des
+avantages, comme d'avoir le résultat automatiquement publié pour toutes les
+architectures via un serveur de journeaux comme buildd.debian.org.  Mais cela
+pose aussi d'autres problèmes.  Permièrement, cela peut demander d'élargir la
+liste des dépendances de construction.  Ainsi, bioperl-run doit dépendre de
+tous les programmes pour lesquels il fournit une interface si on veut le tester
+efficacement.  Et dans ce cas particulier, tant que T-Coffee est défectueux sur
+armel, BioPerl-Run ne peut pas être reconstruit sur cette plate-forme.
+
+Deuxièmement, cela ne fournit pas un moyen simple à l'utilisateur de tester un
+paquet installé sur son système.  La proposition DEP 8 va à mi-chemin dans ce
+sens, car elle a pour but de tester, au moment de la construction, les
+programmes non pas tels qu'ils sont construits, mais tels qu'ils sont
+empaquetés.  C'est un pas dans une bonne direction.  Peut-être sera-t-il
+possible de construire sur ce projet de manière à ce qu'un jour on puisse aussi
+tester les paquets binaires.  Cela permettrait de faire les tests non pas au
+moment de la construction, mais juste après, et ainsi peut-être d'introduire
+plus de flexibilité dans les dépendances, pour éviter qu'un seul programme
+manquant n'invalide complètement un paquet qui peut l'utiliser de manière
+optionelle.
+