]> source.charles.plessy.org Git - source/.git/commitdiff
Mitochondrion
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Fri, 8 Mar 2019 04:27:42 +0000 (13:27 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Fri, 8 Mar 2019 04:27:42 +0000 (13:27 +0900)
biblio/28369459.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/assembly.mdwn

diff --git a/biblio/28369459.mdwn b/biblio/28369459.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9946480
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+[[!meta title="de novo assembly and population genomic survey of natural yeast isolates with the Oxford Nanopore MinION sequencer."]]
+[[!tag Nanopore yeast mitochondrion]]
+
+Istace B, Friedrich A, d'Agata L, Faye S, Payen E, Beluche O, Caradec C,
+Davidas S, Cruaud C, Liti G, Lemainque A, Engelen S, Wincker P, Schacherer J,
+Aury JM.
+
+Gigascience. 2017 Feb 1;6(2):1-13. doi:10.1093/gigascience/giw018
+
+de novo assembly and population genomic survey of natural yeast isolates with the Oxford Nanopore MinION sequencer.
+
+[[!pmid 28369459 desc="Assembled mitochondrial genomes with ABruijn."]]
index 177737279f63704f72c5585bcec251be7dee7a78..b36d5f8c6322bc0dedbf18e01c44caf3d6f19547 100644 (file)
@@ -13,6 +13,10 @@ The Flye assembler ([[Kolmogorov and coll, bioRxiv
 contigs using long error-prone reads, untangles the graph by resolving repeats,
 and then uses it to refine the contings and increase their accuracy.
 
+The predecessor of Flye, ABruijn, was reported by [[Istace and coll.
+(2017)|biblio/28369459]] to be able to assemble mitochondrial genomes (unlike
+Canu and other assemblers).
+
 When coverage is too low for efficient reference-free assembly, related
 references can be used as a guide.  The Ragout software ([[Kolmogorov and
 coll., 2014|biblio/24931998), [[Kolmogorov and coll., 2018|biblio/30341161]])