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Hemichordates
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 28 Aug 2019 06:38:01 +0000 (15:38 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 28 Aug 2019 06:38:01 +0000 (15:38 +0900)
biblio/9799263.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/mitochondrion.mdwn

diff --git a/biblio/9799263.mdwn b/biblio/9799263.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d6d2451
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="The mitochondrial genome of the hemichordate Balanoglossus carnosus and the evolution of deuterostome mitochondria."]]
+[[!tag mitochondrion hemichordate]]
+
+Genetics. 1998 Nov;150(3):1115-23.
+
+Castresana J, Feldmaier-Fuchs G, Yokobori S, Satoh N, Pääbo S.
+
+The mitochondrial genome of the hemichordate Balanoglossus carnosus and the evolution of deuterostome mitochondria.
+
+[[!pmid 9799263 desc="AGA encodes Ser, AGG is absent, ATA encodes Ile, AAA is absent. “…out of the 69 ATA hemichordate codons, 20 occur in positions where Ile is conserved in >55% of the sequences (eight of these positions have Ile in >90% of the sequences), while none of them occur at positions where Met is conserved. Of the 19 AGA codons, 6 occur at positions where Ser is conserved in >55% of the sequences (3 of them with Ser in >90% of the sequences), whereas they are never used as stop codons.”"]]
index 8f318f34c2c8a7aa66565c61ab511bdfb47b8498..a523aac32d971d0385595240c4618bf1ff59cc20 100644 (file)
@@ -17,7 +17,7 @@ https://en.wikipedia.org/wiki/Ascidian_mitochondrial_code
    ATA and TGA are likely to code for M and W like in vertebtates.
    [[Durrheim and coll. |biblio/8393993]] also translated that way,
    but did not report it explicitely.
- - [[Delarbre and coll, 1997|biblio/9254918]] proposed an AGR -> Gly
+ - [[Delarbre and coll, 1997|biblio/9254918]] proposed an AGR  Gly
    reassignment in amphioxus, based on a AGG/GGG polymorphism, and
    [[Spruyt and coll, 1998|biblio/9628930]] found a putative TCT (Gly) tRNA
    in the mitochondrial genome of the amphioxus (in which they also show
@@ -30,9 +30,19 @@ https://en.wikipedia.org/wiki/Ascidian_mitochondrial_code
  - Sequence of a thaliacean (_Doliolum nationalis_) mitochondrial genome
    suggests they also decode AGR as glycine ([[Yokobori, Oshima and Wada,
    2005|biblio/15619441]]).
- - Another case, unrelated, of reassignment to glycin is know: UGA -> Gly in
+ - Another case, unrelated, of reassignment to glycin is know: UGA  Gly in
    SR1 bacteria ([[Campbell and coll, 2013|biblio/23509275]]).
+ - In the hemichordate _Balanoglossus carnosus_ ([[Castresana and coll.,
+   1998|biblio/9799263]]): ATA → Ile, AGA → Ser, AGG → ø and AAA → ø.
 
+```
+                     AGA   AGG   ATA   AAA   TGA
+Vertebrates           *     *     M     K     W
+Tunicates             G     G     M     K     W
+Cephalochordates
+Hemichordates         S     ø     I     ø     W
+Echinoderms           S     S     I     N     W
+```
 
 ### Genes