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Beniimo croissant
authorCharles Plessy <charlesplessy@Charless-MacBook.local>
Mon, 16 Jun 2025 05:13:43 +0000 (14:13 +0900)
committerCharles Plessy <charlesplessy@Charless-MacBook.local>
Mon, 16 Jun 2025 05:13:43 +0000 (14:13 +0900)
biblio/40425826.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/synteny.mdwn

diff --git a/biblio/40425826.mdwn b/biblio/40425826.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c6eb00e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Conservation of regulatory elements with highly diverged sequences across large evolutionary distances."]]
+[[!tag synteny]]
+
+Nat Genet. 2025 Jun;57(6):1524-1534. doi: 10.1038/s41588-025-02202-5
+
+Phan MHQ, Zehnder T, Puntieri F, Magg A, Majchrzycka B, Antonović M, Wieler H, Lo BW, Baranasic D, Lenhard B, Müller F, Vingron M, Ibrahim DM.
+
+Conservation of regulatory elements with highly diverged sequences across large evolutionary distances.
+
+[[!pmid 40425826 desc="“Interspecies point projection (IPP) [is] a synteny-based algorithm designed to map corresponding genomic locations in highly diverged genomes”. “We term [...] sequence-diverged orthologs ‘indirectly conserved’ (IC)”"]]
index ff936b28ff7b1c61d731799357b4213e7fd3588b..b0d18debe314972ea933a165f27723a5aea870f2 100644 (file)
@@ -127,4 +127,8 @@ Chiton species of very similar morphology can have different karyotypes
  - “Chains” and “nets” of pairwise alignements between two genomes are described
    in [[Kent and coll, 2003|biblio/14500911]].
 
+ - [[Phan and coll., 2025|biblio/40425826]] use syntenic bridge alignments to
+   associate unalignable pairs of sequences in pairs of evolutionary distant
+   species, using an approach they call interspecies point projection (IPP).
+
 [[!inline pages="tagged(synteny)" limit=0]]