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Dans le train
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Sat, 3 Jun 2023 04:14:12 +0000 (13:14 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Sat, 3 Jun 2023 04:14:12 +0000 (13:14 +0900)
biblio/36261227.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/variants.mdwn

diff --git a/biblio/36261227.mdwn b/biblio/36261227.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..65f63bc
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,18 @@
+[[!meta title="Replication-associated inversions are the dominant form of bacterial chromosome structural variation."]]
+[[!tag bacteria variants]]
+
+D'Iorio M, Dewar K.
+
+Life Sci Alliance. 2022 Oct 19;6(1):e202201434. doi:10.26508/lsa.202201434
+
+Replication-associated inversions are the dominant form of bacterial chromosome structural variation.
+
+[[!pmid 36261227 desc="“We assessed a total of 313 species that were
+represented by 10 or more complete genome sequences”  “A genoform in this work
+refers to a group of collinear chromosomal sequences within a species with at
+least 80% sequence similarity and without an inversion spanning more than 50
+Kb.”  “In Gammaproteobacteria, the species Haemophilus influenzae, Haemophilus
+parainfluenzae, and Mannheimia haemolytica all contained inversions that were
+predominantly located away from the replication origin. We also observed
+species that were consistently offset from symmetry in one direction such as in
+B. pertussis”"]]
index 015b7c21b4c40f40bc8017b59ad028dd504a53a1..285f087a8c277979974bea83d7f923ffd2bc0020 100644 (file)
@@ -60,6 +60,8 @@ human/mouse comparisons, median length 814.
 In bacteria, rearrangements have been reported to generate a X-shaped pattern
 in dot-plots by [[Eisen and coll (2000)|biblio/11178265]].  The authors suggest
 that the patterns are generated by inversions centered on origins and termini.
+The prevalence of this phenomenon was confirmed by [[D'Iorio and Dewar,
+2022|biblio/36261227]].
 
 ### Mechanism