]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Café
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Tue, 2 Mar 2021 04:35:55 +0000 (13:35 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Tue, 2 Mar 2021 04:35:55 +0000 (13:35 +0900)
biblio/33563718.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/synteny.mdwn

diff --git a/biblio/33563718.mdwn b/biblio/33563718.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..43d83ff
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Evolution of genome structure in the Drosophila simulans species complex."]]
+[[!tag Drosophila synteny]]
+
+Chakraborty M, Chang CH, Khost DE, Vedanayagam J, Adrion JR, Liao Y, Montooth KL, Meiklejohn CD, Larracuente AM, Emerson JJ.
+
+Genome Res. 2021 Feb 9. doi:10.1101/gr.263442.120
+
+Evolution of genome structure in the Drosophila simulans species complex.
+
+[[!pmid 33563718 desc="“de novo reference genomes for the Drosophila simulans species complex (D. simulans, D. mauritiana, and D. sechellia), which speciated ∼250,000 yr ago.”  “Genome-wide, ∼15% of sim-complex genome content fails to align uniquely to D. melanogaster.”  “Within aligned sequence blocks, the sim-complex species show ∼7% divergence from D. melanogaster”  “535–542 rearrangements between D. melanogaster and the sim-complex (approximately 90 mutations per million years), and 113–177 rearrangements within the sim-complex (226–354 mutations per million years)”"]]
index 1a531eabdc1523da03d4f95bb053a6abaf0060ef..0a15e461e37986a38cf5eab0ba613c984d54e392 100644 (file)
@@ -15,7 +15,10 @@ compartment”  “Overlaps of TAD boundaries and SB breakpoints in all comparis
 are highly significant”
 
 [[Ranz and coll., 2001|biblio/11157786]] estimate an evolution rate of 0.9–1.4
-chromosomal inversions fixed per million years in _Drosophila_.
+chromosomal inversions fixed per million years in _Drosophila_.  A comparison
+between _D. mel_ and members of the _simulans_ species complex led to an estimation
+of 90 rearrangements per MY (_mel_ / _simulans_) and 226–354 per MY (_sim_ / _sim_)
+([[Chakraborty and coll., 2021|biblio/33563718]]).
 
 In insects, the Osiris gene family shows conservation of synteny over ~400
 million years ([[Sah and coll., 2012|biblio/22384409]]).