]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
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authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 28 Feb 2019 04:18:56 +0000 (13:18 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 28 Feb 2019 04:18:56 +0000 (13:18 +0900)
biblio/10.1101_247148.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/assembly.mdwn

diff --git a/biblio/10.1101_247148.mdwn b/biblio/10.1101_247148.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3b80d26
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs"]]
+[[!tag genome assembly method]]
+
+Mikhail Kolmogorov, Jeffrey Yuan, Yu Lin, Pavel Pevzner
+
+bioRxiv, Posted January 12, 2018.
+
+Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs
+
+[[!doi 10.1101/247148 desc="“Flye constructs (overlapping) contigs with possible assembly errors at the initial stage, combines them into an accurate assembly graph, resolves repeats in the assembly graph using small variations between various repeat instances that were left unresolved during the initial assembly stage, constructs a new, less tangled assembly graph based on resolved repeats, and finally outputs accurate contigs as paths in this graph.”"]]
index c0b2a6070e74b467cb145157da6ae07b3b6134a7..f1f20f035aeb2225d9ee1eb23812a77d501aced5 100644 (file)
@@ -8,6 +8,11 @@ Prior assembly, MinIONQC ([[Lanfear and coll., 2018|biblio/30052755]]) allows
 for the comparison of multiple Nanopore runs on the same plot, to assess if
 read length is satisfactory.
 
+The Flye assembler ([[Kolmogorov and coll, bioRxiv
+2018|biblio/10.1101_247148]]) creates an A-Bruijn (assembly) graph from draft
+contigs using long error-prone reads, untangles the graph by resolving repeats,
+and then uses it to refine the contings and increase their accuracy.
+
 When coverage is too low for efficient reference-free assembly, related
 references can be used as a guide.  The Ragout software ([[Kolmogorov and
 coll., 2014|biblio/24931998), [[Kolmogorov and coll., 2018|biblio/30341161]])