]> source.charles.plessy.org Git - source/.git/commitdiff
Café
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 3 Feb 2021 22:06:14 +0000 (07:06 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 3 Feb 2021 22:06:14 +0000 (07:06 +0900)
biblio/10.1101_2021.01.25.428050.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/LAST.mdwn

diff --git a/biblio/10.1101_2021.01.25.428050.mdwn b/biblio/10.1101_2021.01.25.428050.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b9592bb
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Improved DNA-versus-Protein Homology Search for Protein Fossils"]]
+[[!tag bioRxiv LAST repeat]]
+
+Yin Yao, Martin C. Frith
+
+bioRxiv 2021.01.25.428050; doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.25.428050
+
+Improved DNA-versus-Protein Homology Search for Protein Fossils
+
+[[!doi 10.1101/2021.01.25.428050 desc="Uses a 64 x 21 substitution matrix and automatically learns the genetic code.  Detected fossils of the polinton and DIRS/Ngaro repeat elements in the human genome.  10 times faster than blastx."]]
index f02c8785a5677152c03deb4612b1ff50bf263fe8..c6fbd8f4cf1e4eea10a0696ddccab5a893235598 100644 (file)
@@ -21,4 +21,7 @@ _bibliography in progress..._
  - `tandem-genotypes` ([[Mitsuhashi and coll., 2019|biblio/30890163]]): detection
    of expansion of tandem repeats, after alignment with `last-split`.
 
+ - LAST can align DNA sequences to protein databases using a 64 x 21 substitution
+   matrix [[Yao and Frith, 2020|biblio/10.1101_2021.01.25.428050]].
+
 [[!inline pages="tagged(LAST)" actions="no" limit=0]]