]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
oburo
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 14 Oct 2021 07:38:45 +0000 (16:38 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 14 Oct 2021 07:38:45 +0000 (16:38 +0900)
biblio/34255842.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/cap.mdwn

diff --git a/biblio/34255842.mdwn b/biblio/34255842.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d7daba7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="capCLIP: a new tool to probe translational control in human cells through capture and identification of the eIF4E-mRNA interactome."]]
+[[!tag cap method library]]
+
+Jensen KB, Dredge BK, Toubia J, Jin X, Iadevaia V, Goodall GJ, Proud CG.
+
+Nucleic Acids Res. 2021 Oct 11;49(18):e105. doi:10.1093/nar/gkab604
+
+capCLIP: a new tool to probe translational control in human cells through capture and identification of the eIF4E-mRNA interactome.
+
+[[!pmid 34255842 desc="eIF4E flagged via CRISPR/Cas9 gene editing.  mRNAs were crosslinked to eIF4E and immunoprecipitated with anti-flag antibodies.  First-strand cDNAs primed via a linker ligated in 3′.  This method (capCLIP) was used to study the effect of rapamycin treatment and eIF4E phosphorylation."]]
index 552aa76d2e62256b28e6ea3f660905c74e2a4f90..175d7267231ad122edeaa45598b74cfc457cc793 100644 (file)
@@ -63,6 +63,11 @@ in the [[template_switching]] tag page.
    biotinylated forward primers, so that the 5′ end can be recovered after
    mechanical fragmentation.
 
+ - capCLIP ([[Jensen and coll., 2021|biblio/34255842]]): eIF4E is flagged by
+   gene editing, mRNA crosslinked to eIF4E and the whole is immunoprecipitated.
+   This circumvents the problem of access to good eIF4E antibodies for
+   immunoprecipitation.
+
 Atypical caps (work in progress)
 --------------------------------