]> source.charles.plessy.org Git - source--/.git/commitdiff
Café
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 12 Jan 2022 04:40:25 +0000 (13:40 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Wed, 12 Jan 2022 04:40:25 +0000 (13:40 +0900)
biblio/18622036.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/synteny.mdwn

diff --git a/biblio/18622036.mdwn b/biblio/18622036.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c27891e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Chromosomal rearrangement inferred from comparisons of 12 Drosophila genomes."]]
+[[!tag Drosophila synteny]]
+
+Bhutkar A, Schaeffer SW, Russo SM, Xu M, Smith TF, Gelbart WM.
+
+Genetics. 2008 Jul;179(3):1657-80. doi:10.1534/genetics.107.086108
+
+Chromosomal rearrangement inferred from comparisons of 12 Drosophila genomes.
+
+[[!pmid 18622036 desc="“This analysis reveals between 42 (D. sechellia) and 1430 (D. willistoni) syntenic blocks across various species on the basis of the D. melanogaster gene order.”  “Comparison of syntenic blocks across this large genomic data set confirms that genetic elements are largely (95%) localized to the same Muller element across genus Drosophila species and paracentric inversions serve as the dominant mechanism for shuffling the order of genes along a chromosome.”  “When we infer that a breakpoint is reused we mean that two or more breakage events occurred within the nucleotide interval between blocks, but the events are not necessarily coincident within the breakpoint”"]]
index 4c67537fcd336bd9e02bc167554eb662bbb35458..150cfa8cb046d30797e32dba5fafabb2fdf1637a 100644 (file)
@@ -1,8 +1,11 @@
 [[!meta title="pages tagged synteny"]]
 
-[[Drosophila 12 Genomes Consortium (2007)|biblio/17994087]] sequenced
-across the _Drosophila_ genus and showed synteny conservation ranging
-between few large blocks with many genes to many small blocks with few genes.
+[[Drosophila 12 Genomes Consortium (2007)|biblio/17994087]] sequenced across
+the _Drosophila_ genus and showed synteny conservation ranging between few
+large blocks with many genes to many small blocks with few genes.  [[Bhuktar
+and coll. (2008)|biblio/18622036]] counted “between 42 (D. sechellia) and 1430
+(D. willistoni) syntenic blocks across various species on the basis of the D.
+melanogaster gene order”.
 
 [[Carbone and coll. (2014)|biblio/25209798]] found 96 gibbon–human synteny
 breakpoints (~30 per Gb), associated with segmental duplication or Alu element