]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Oikosins.
authorCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Mon, 2 Apr 2018 01:55:53 +0000 (10:55 +0900)
committerCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Mon, 2 Apr 2018 01:55:53 +0000 (10:55 +0900)
biblio/22792236.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/Oikopleura.mdwn

diff --git a/biblio/22792236.mdwn b/biblio/22792236.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a9e7c5f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="The evolving proteome of a complex extracellular matrix, the Oikopleura house."]]
+[[!tag Oikopleura]]
+
+PLoS One. 2012;7(7):e40172. doi:10.1371/journal.pone.0040172
+
+Hosp J, Sagane Y, Danks G, Thompson EM.
+
+The evolving proteome of a complex extracellular matrix, the Oikopleura house.
+
+[[!pmid 22792236 desc="“Almost half of the oikosin complement exhibit no known domain structures or other similarities to known proteins, suggesting de novo appearance in the appendicularian lineage. Known domains are implicated in cellulose binding, protein-protein interactions or sPLA2 activity. Production of the latter is concentrated in epithelial regions associated with construction of the fcf, suggesting a possible role of this structure in innate immune defence.” “The genomic organization of oikosin loci appears incompatible with common enhancers or locus control regions exerting [...] a coordinate regulatory role.”"]]
index 20751ce32521e66a912497fafd32b95acb7741d8..6b3bad41ac9709902f8750901c44e88c790b3b4c 100644 (file)
@@ -6,6 +6,9 @@ Oikopleura
 _Oikopleura dioica_ is a tunicate plankton.  Thus, it belongs to the same
 "chordate" phylum as us.  Its genome is very small, as each cell only contains
 70 fg of DNA ([Animal Genome Size Database](http://www.genomesize.com/result_species.php?id=1308)).
+Each animal secretes a mucus "house" that is used for feeding (and perhaps
+defending).  The main house proteins are called _oikosins_ and half or them
+are unique to Oikopleura and related animals ("_Appendicularia_").
 
 Some links:
 
@@ -18,6 +21,7 @@ Genome
 
  - Size estimated to 72 ± 13 Mb (min 32.6~65 Mb) by [[Seo et al, 2001|biblio/11752568]].
  - CYP1 family genes and their regulator AhR are not detectable ([[Yadetie et al, 2012|biblio/22300585]]).
+ - ~80 "house proteins" have been identified and more than half lack similarity to known proteils ([[Hosp et al., 2012|biblio/22792236]]). 
 
 Transcriptome
 -------------