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authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 26 Apr 2021 04:47:17 +0000 (13:47 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 26 Apr 2021 04:47:17 +0000 (13:47 +0900)
biblio/17994087.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/Drosophila.mdwn
tags/synteny.mdwn

diff --git a/biblio/17994087.mdwn b/biblio/17994087.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d7dfe06
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny."]]
+[[!tag Drosophila synteny]]
+
+Drosophila 12 Genomes Consortium, Clark AG, Eisen MB, Smith DR, Bergman CM, Oliver B, Markow TA, Kaufman TC, Kellis M, Gelbart W, Iyer VN, Pollard DA, Sackton TB, Larracuente AM, Singh ND, Abad JP, Abt DN, Adryan B, Aguade M, Akashi H, Anderson WW, Aquadro CF, Ardell DH, Arguello R, Artieri CG, Barbash DA, Barker D, Barsanti P, Batterham P, Batzoglou S, Begun D, Bhutkar A, Blanco E, Bosak SA, Bradley RK, Brand AD, Brent MR, Brooks AN, Brown RH, Butlin RK, Caggese C, Calvi BR, Bernardo de Carvalho A, Caspi A, Castrezana S, Celniker SE, Chang JL, Chapple C, Chatterji S, Chinwalla A, Civetta A, Clifton SW, Comeron JM, Costello JC, Coyne JA, Daub J, David RG, Delcher AL, Delehaunty K, Do CB, Ebling H, Edwards K, Eickbush T, Evans JD, Filipski A, Findeiss S, Freyhult E, Fulton L, Fulton R, Garcia AC, Gardiner A, Garfield DA, Garvin BE, Gibson G, Gilbert D, Gnerre S, Godfrey J, Good R, Gotea V, Gravely B, Greenberg AJ, Griffiths-Jones S, Gross S, Guigo R, Gustafson EA, Haerty W, Hahn MW, Halligan DL, Halpern AL, Halter GM, Han MV, Heger A, Hillier L, Hinrichs AS, Holmes I, Hoskins RA, Hubisz MJ, Hultmark D, Huntley MA, Jaffe DB, Jagadeeshan S, Jeck WR, Johnson J, Jones CD, Jordan WC, Karpen GH, Kataoka E, Keightley PD, Kheradpour P, Kirkness EF, Koerich LB, Kristiansen K, Kudrna D, Kulathinal RJ, Kumar S, Kwok R, Lander E, Langley CH, Lapoint R, Lazzaro BP, Lee SJ, Levesque L, Li R, Lin CF, Lin MF, Lindblad-Toh K, Llopart A, Long M, Low L, Lozovsky E, Lu J, Luo M, Machado CA, Makalowski W, Marzo M, Matsuda M, Matzkin L, McAllister B, McBride CS, McKernan B, McKernan K, Mendez-Lago M, Minx P, Mollenhauer MU, Montooth K, Mount SM, Mu X, Myers E, Negre B, Newfeld S, Nielsen R, Noor MA, O'Grady P, Pachter L, Papaceit M, Parisi MJ, Parisi M, Parts L, Pedersen JS, Pesole G, Phillippy AM, Ponting CP, Pop M, Porcelli D, Powell JR, Prohaska S, Pruitt K, Puig M, Quesneville H, Ram KR, Rand D, Rasmussen MD, Reed LK, Reenan R, Reily A, Remington KA, Rieger TT, Ritchie MG, Robin C, Rogers YH, Rohde C, Rozas J, Rubenfield MJ, Ruiz A, Russo S, Salzberg SL, Sanchez-Gracia A, Saranga DJ, Sato H, Schaeffer SW, Schatz MC, Schlenke T, Schwartz R, Segarra C, Singh RS, Sirot L, Sirota M, Sisneros NB, Smith CD, Smith TF, Spieth J, Stage DE, Stark A, Stephan W, Strausberg RL, Strempel S, Sturgill D, Sutton G, Sutton GG, Tao W, Teichmann S, Tobari YN, Tomimura Y, Tsolas JM, Valente VL, Venter E, Venter JC, Vicario S, Vieira FG, Vilella AJ, Villasante A, Walenz B, Wang J, Wasserman M, Watts T, Wilson D, Wilson RK, Wing RA, Wolfner MF, Wong A, Wong GK, Wu CI, Wu G, Yamamoto D, Yang HP, Yang SP, Yorke JA, Yoshida K, Zdobnov E, Zhang P, Zhang Y, Zimin AV, Baldwin J, Abdouelleil A, Abdulkadir J, Abebe A, Abera B, Abreu J, Acer SC, Aftuck L, Alexander A, An P, Anderson E, Anderson S, Arachi H, Azer M, Bachantsang P, Barry A, Bayul T, Berlin A, Bessette D, Bloom T, Blye J, Boguslavskiy L, Bonnet C, Boukhgalter B, Bourzgui I, Brown A, Cahill P, Channer S, Cheshatsang Y, Chuda L, Citroen M, Collymore A, Cooke P, Costello M, D'Aco K, Daza R, De Haan G, DeGray S, DeMaso C, Dhargay N, Dooley K, Dooley E, Doricent M, Dorje P, Dorjee K, Dupes A, Elong R, Falk J, Farina A, Faro S, Ferguson D, Fisher S, Foley CD, Franke A, Friedrich D, Gadbois L, Gearin G, Gearin CR, Giannoukos G, Goode T, Graham J, Grandbois E, Grewal S, Gyaltsen K, Hafez N, Hagos B, Hall J, Henson C, Hollinger A, Honan T, Huard MD, Hughes L, Hurhula B, Husby ME, Kamat A, Kanga B, Kashin S, Khazanovich D, Kisner P, Lance K, Lara M, Lee W, Lennon N, Letendre F, LeVine R, Lipovsky A, Liu X, Liu J, Liu S, Lokyitsang T, Lokyitsang Y, Lubonja R, Lui A, MacDonald P, Magnisalis V, Maru K, Matthews C, McCusker W, McDonough S, Mehta T, Meldrim J, Meneus L, Mihai O, Mihalev A, Mihova T, Mittelman R, Mlenga V, Montmayeur A, Mulrain L, Navidi A, Naylor J, Negash T, Nguyen T, Nguyen N, Nicol R, Norbu C, Norbu N, Novod N, O'Neill B, Osman S, Markiewicz E, Oyono OL, Patti C, Phunkhang P, Pierre F, Priest M, Raghuraman S, Rege F, Reyes R, Rise C, Rogov P, Ross K, Ryan E, Settipalli S, Shea T, Sherpa N, Shi L, Shih D, Sparrow T, Spaulding J, Stalker J, Stange-Thomann N, Stavropoulos S, Stone C, Strader C, Tesfaye S, Thomson T, Thoulutsang Y, Thoulutsang D, Topham K, Topping I, Tsamla T, Vassiliev H, Vo A, Wangchuk T, Wangdi T, Weiand M, Wilkinson J, Wilson A, Yadav S, Young G, Yu Q, Zembek L, Zhong D, Zimmer A, Zwirko Z, Jaffe DB, Alvarez P, Brockman W, Butler J, Chin C, Gnerre S, Grabherr M, Kleber M, Mauceli E, MacCallum I.
+
+Nature. 2007 Nov 8;450(7167):203-18. doi:10.1038/nature06341
+
+Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny.
+
+[[!pmid 17994087 desc="The result of pairwise comparisons between the species ranges between a few tens or hundreds of synteny blocks of up to ~1000 genes, to ~1000 synteny blocks with a few (tens of) genes."]]
index 68c6d5e5b87858005d31a266ea13d58f92a30383..c4eb67c8b6f0f2f608de411f03dcd0c9e106e155 100644 (file)
@@ -15,6 +15,9 @@ D. silvestris diverged 5.1 My ago.
 The ITS2 sequence of Drosophila species diverged at the speed of 1.2 % per million
 year ([[Schlötterer and coll., 1994|biblio/8015444]]).
 
+12 Drosophila genomes were sequenced and compared by the [[(Drosophila 12
+Genomes Consortium (2007)|biblio/17994087)]].
+
 See also [[Muller elements|muller_element]].
 
 [[!inline pages="tagged(Drosophila)" limit=0]]
index 0a15e461e37986a38cf5eab0ba613c984d54e392..116648a668fbccbb1f5dae7a933cda698e4db29f 100644 (file)
@@ -1,5 +1,9 @@
 [[!meta title="pages tagged synteny"]]
 
+[[(Drosophila 12 Genomes Consortium (2007)|biblio/17994087)]] sequenced
+across the _Drosophila_ genus and showed synteny conservation ranging
+between few large blocks with many genes to many small blocks with few genes.
+
 [[Carbone and coll. (2014)|biblio/25209798]] found 96 gibbon–human synteny
 breakpoints (~30 per Gb), associated with segmental duplication or Alu element
 enrichment.  They often bore signatures of non-homology based mechanisms, and