]> source.charles.plessy.org Git - source--/.git/commitdiff
Café
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 5 Jan 2023 04:45:38 +0000 (13:45 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 5 Jan 2023 04:45:38 +0000 (13:45 +0900)
biblio/5456129.mdwn
tags/Oxford_plot.mdwn

index 104086eed558af934d48da6a149123932c6f0936..f5899b0a05c3a6b4ba29b0da0183bcf34e116552 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 [[!meta title="The diagram, a method for comparing sequences. Its use with amino acid and nucleotide sequences."]]
-[[!tag software method alignment]]
+[[!tag Oxford_plot]]
 
 Gibbs AJ, McIntyre GA.
 
index 39072e90d54ab78650d86e361fb05e09615d3995..10e755e8bfa078f472060da6793f16b27cb1f37c 100644 (file)
@@ -1,4 +1,19 @@
 [[!meta title="pages tagged Oxford plot"]]
 
-[[!inline pages="tagged(Oxford_plot)" actions="no" archive="yes"
-feedshow=10]]
+## Why are the dot-plots of sequence comparisons also called “Oxford” plots?
+
+*work in progress*
+
+Wikipedia credits [[Gibbs and McIntyre (1970)|biblio/5456129]] for the
+invention of dot-plot graphs to compare two biological sequences.  Gibbs and
+McIntyre are from the University of Canberra, but the dot-plots are sometimes
+called “Oxford” plots or grids.  Is Wikipedia missing a reference?  I screened
+the papers citing Gibbs and McIntyre, and found that [[Maize and Lenk
+(1981)]|biblio/6801656]], from the NIH, also cite other papers: 1) [[Tinoco,
+Uhlenbeck and Levine (1971)|biblio/4927725]] from the University of Berkeley,
+that shows a base pairing matrix, 2) Fitch (1969) (PMID 5364927) from the
+University of Winsconsin, with no dot plot, and McLachlan (1970) (PMID 5167087)
+from the University of Cambridge, with a sequence comparison matrix for
+two proteins.
+
+[[!inline pages="tagged(Oxford_plot)" limit=0]]