]> source.charles.plessy.org Git - source--/.git/commitdiff
microsynteny mixing score
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Tue, 27 Feb 2024 07:29:08 +0000 (16:29 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Tue, 27 Feb 2024 07:29:08 +0000 (16:29 +0900)
biblio/10.1101_2024.02.15.580425.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/synteny.mdwn

diff --git a/biblio/10.1101_2024.02.15.580425.mdwn b/biblio/10.1101_2024.02.15.580425.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3df6415
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+[[!meta title=" Fusion, fission, and scrambling of the bilaterian genome in Bryozoa"]]
+[[!tag bioRxiv synteny]]
+
+Thomas D. Lewin, Isabel Jiah-Yih Liao, Mu-En Chen, John D. D. Bishop, Peter W. H. Holland, Yi-Jyun Luo
+
+bioRxiv 2024.02.15.580425; doi:10.1101/2024.02.15.580425
+
+Fusion, fission, and scrambling of the bilaterian genome in Bryozoa.
+
+[[!doi 10.1101/2024.02.15.580425 desc="Defines a “microsynteny mixing score” as
+1 minus the absolute value of the spearman correlation coefficient of the
+ranked positions of orthologous genes on orthologous chromosome pairs."]]
index 98f5d95bf92537c4689057cbb8373cb084eb7479..6672f561998618f1b9f542b6a9415053fa6b5701 100644 (file)
@@ -105,6 +105,11 @@ can be observed in fungi even when ITS sequences are 100% identical.
    that a given gene has its orthologue in a homologous chromosome of a related
    species.
 
+ - [[Lewin and coll., 2024|biblio/10.1101_2024.02.15.580425]] defined a
+   “microsynteny mixing score” as 1 minus the Spearman correlation coefficient
+   of the ranked positional indices of orthologous genes on orthologous
+   chromosomes.
+
  - “Chains” and “nets” of pairwise alignements between two genomes are described
    in [[Kent and coll, 2003|biblio/14500911]].