]> source.charles.plessy.org Git - source/.git/commitdiff
Intron turnover.
authorCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Fri, 11 May 2018 02:22:32 +0000 (11:22 +0900)
committerCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Fri, 11 May 2018 02:22:32 +0000 (11:22 +0900)
biblio/15638456.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/Oikopleura.mdwn

diff --git a/biblio/15638456.mdwn b/biblio/15638456.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..39190f5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Hypervariable and highly divergent intron-exon organizations in the chordate Oikopleura dioica."]]
+[[!tag Oikopleura intron]]
+
+J Mol Evol. 2004 Oct;59(4):448-57 doi:10.1007/s00239-004-2636-5
+
+Edvardsen RB, Lerat E, Maeland AD, Flåt M, Tewari R, Jensen MF, Lehrach H, Reinhardt R, Seo HC, Chourrout D.
+
+Hypervariable and highly divergent intron-exon organizations in the chordate Oikopleura dioica.
+
+[[!pmid 15638456 desc="Study on housekeeping genes suggests that “Most Oikopleura introns occupy nonconserved positions and probably originate from numerous late intron gains or sliding of ancient introns”.  Conservation within paralogs suggest possible gene conversion events."]]
index 51f691dcc82cba99818c00d4911a820cf43109cf..becb9e55b7239e98c84145a10d32698633593297 100644 (file)
@@ -39,6 +39,9 @@ Transcriptome
    SL and that 42% of SL transcripts are monocistronic ([[Danks et al., 2015|biblio/25525214]]).
  - A `TCTAGA` promoter element is found in 73.5% of the non-trans-spliced genes detected with
    CAGE in testis ([[Danks et al, 2018|biblio/29482522]]).
+ - Introns are subjected to a large turnover: many ancestral introns are lost, and many
+   new species-specific introns found ([[Edvarsen et al., 2004|biblio/15638456]]).
+
 
 Tools
 -----