]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
SMART
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 27 Jan 2020 04:09:37 +0000 (13:09 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 27 Jan 2020 04:09:37 +0000 (13:09 +0900)
biblio/11314272.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/template_switching.mdwn

diff --git a/biblio/11314272.mdwn b/biblio/11314272.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c65659a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction."]]
+[[!tag template_switching library method]]
+
+Biotechniques. 2001 Apr;30(4):892-7.
+
+Zhu YY, Machleder EM, Chenchik A, Li R, Siebert PD.
+
+Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction.
+
+[[!pmid 11314272 desc="SMART: “switching mechanism at the 5′ end of the RNA transcript”.  Template-swiching with a rGrGrG oligo containing SfiIB, reverse transcription with an oligo-dT primer containing a SfiIA site. Second-strand cDNA synthesis with low-cycle PCR.  Cloning with standard methods."]]
index 351d49086b69a87acb01bf3602e4b668295284f8..24ba14f97e415e094741dae93705da5ade482cdb 100644 (file)
@@ -7,6 +7,12 @@
    cDNAs with dA, and add 5′ linkers with T4 DNA ligase and duplex adapters
    ending with a (T)TTTGGG overhang.
 
+ - In SMART (switching mechanism at the 5′ end of the RNA transcript), [[Zhu,
+   Machleder, Chenchik, Li and Siebert (2001)]] , first-strand cDNAs are
+   prepared with rGrGrG TSOs containing a SfiIB site and oligo-dT RT primers
+   containing a SfiIA site.  Second-strand synthesis with low-cycle PCR, followed
+   with standard cloning methods.
+
  - The "_terminal continuation_" method ([[Ginsberg et al.,
    2002|biblio/12462399]], [[Che et al., 2004|biblio/14647400]]) is essentially
    a template switching with DNA oligonucleotides ending in `CCC` or `GGG`.  `AAA`