]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Café
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 27 Jan 2020 04:44:54 +0000 (13:44 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 27 Jan 2020 04:44:54 +0000 (13:44 +0900)
biblio/11126119.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/template_switching.mdwn

diff --git a/biblio/11126119.mdwn b/biblio/11126119.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..736089f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="5' RACE by tailing a general template-switching oligonucleotide."]]
+[[!tag template_switching method library]]
+
+Shi X, Kaminskyj SG.
+
+Biotechniques. 2000 Dec;29(6):1192-5 doi:10.2144/00296bm07
+
+5' RACE by tailing a general template-switching oligonucleotide.
+
+[[!pmid 11126119 desc="Generate a collection of TSOs by TdT tailing DNA oligos with GTP.  As the lengh of the G tail is variable, it is thought to be more suited to the template switching on cDNAs where the C tail is also variable in length."]]
index d3bef6962e6c4d0baa0776795a6e3cc716047023..0d388dceeed6a4fac295b922c250ed3c023b4d32 100644 (file)
    cDNAs with dA, and add 5′ linkers with T4 DNA ligase and duplex adapters
    ending with a (T)TTTGGG overhang.
 
+ - Noticing that the length of the dC tail on the first-strand cDNA is varialbe,
+   [[Shi and Kaminskyj (2000)|biblio/11126119]] prepared collections of TSOs
+   with variable rG tail length, using TdT.
+
  - In SMART (switching mechanism at the 5′ end of the RNA transcript), [[Zhu,
-   Machleder, Chenchik, Li and Siebert (2001)]] , first-strand cDNAs are
+   Machleder, Chenchik, Li and Siebert (2001)|biblio/11314272]] , first-strand cDNAs are
    prepared with rGrGrG TSOs containing a SfiIB site and oligo-dT RT primers
    containing a SfiIA site.  Second-strand synthesis with low-cycle PCR, followed
    with standard cloning methods.