]> source.charles.plessy.org Git - source/.git/commitdiff
Proteomics
authorCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Tue, 12 Jun 2018 04:05:32 +0000 (13:05 +0900)
committerCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Tue, 12 Jun 2018 04:05:32 +0000 (13:05 +0900)
biblio/21483721.mdwn
biblio/23086203.mdwn [new file with mode: 0644]
biblio/23371551.mdwn [new file with mode: 0644]
biblio/28751582.mdwn
biblio/29735996.mdwn [new file with mode: 0644]
biblio/29735997.mdwn [new file with mode: 0644]

index 40571a410c65ec631d1176669845ca42c8730d7b..3cc66b25437370c62500767b343a59d32adb194c 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 [[!meta title="A genetically encoded tag for correlated light and electron microscopy of intact cells, tissues, and organisms."]]
-[[!tag method microscopy]]
+[[!tag method peroxydase microscopy]]
 
 PLoS Biol. 2011 Apr;9(4):e1001041. doi:10.1371/journal.pbio.1001041.
 
diff --git a/biblio/23086203.mdwn b/biblio/23086203.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..92d5ebb
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Engineered ascorbate peroxidase as a genetically encoded reporter for electron microscopy."]]
+[[!tag microscopy peroxydase method]]
+
+Nat Biotechnol. 2012 Nov;30(11):1143-8. doi:10.1038/nbt.2375
+
+Martell JD, Deerinck TJ, Sancak Y, Poulos TL, Mootha VK, Sosinsky GE, Ellisman MH, Ting AY.
+
+Engineered ascorbate peroxidase as a genetically encoded reporter for electron microscopy.
+
+[[!pmid 23086203 desc="APEX: a â€śgenetically encodable EM tag that is active in all cellular compartments and does not require light APEX is a monomeric 28-kDa peroxidase that withstands strong EM fixation to give excellent ultrastructural preservation”."]]
diff --git a/biblio/23371551.mdwn b/biblio/23371551.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4c76810
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Proteomic mapping of mitochondria in living cells via spatially restricted enzymatic tagging."]]
+[[!tag peroxydase method proteomics]]
+
+Science. 2013 Mar 15;339(6125):1328-1331. doi:10.1126/science.1230593
+
+Rhee HW, Zou P, Udeshi ND, Martell JD, Mootha VK, Carr SA, Ting AY.
+
+Proteomic mapping of mitochondria in living cells via spatially restricted enzymatic tagging.
+
+[[!pmid 23371551 desc="Uses APEX to bind biotin-phenol tags to proteins."]]
index 58a2e123f2a81c399c7403048db5f39154585bd9..61a2a4d05a312289d255a622afe266374c84225c 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 [[!meta title="ChromEMT: Visualizing 3D chromatin structure and compaction in interphase and mitotic cells."]]
-[[!tag method chromatin microscopy]]
+[[!tag method peroxydase chromatin microscopy]]
 
 Science. 2017 Jul 28;357(6349). pii: eaag0025. doi:10.1126/science.aag0025.
 
diff --git a/biblio/29735996.mdwn b/biblio/29735996.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a4de362
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,11 @@
+[[!meta title="C-BERST: defining subnuclear proteomic landscapes at genomic elements with dCas9-APEX2."]]
+[[!tag peroxydase method proteomics]]
+
+Nat Methods. 2018 May 7. doi:10.1038/s41592-018-0006-2
+
+Gao XD, Tu LC, Mir A, Rodriguez T, Ding Y, Leszyk J, Dekker J, Shaffer SA, Zhu
+LJ, Wolfe SA, Sontheimer EJ.
+
+C-BERST: defining subnuclear proteomic landscapes at genomic elements with dCas9-APEX2.
+
+[[!pmid 29735996 desc="Links APEX2 to Cas9 in order to label protein near target loci.  dCas9-APEX2 biotinylation at genomic elements by restricted spatial tagging (C-BERST)"]]
diff --git a/biblio/29735997.mdwn b/biblio/29735997.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..68a28af
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Discovery of proteins associated with a predefined genomic locus via dCas9-APEX-mediated proximity labeling."]]
+[[!tag proteomics peroxydase method]]
+
+Myers SA, Wright J, Peckner R, Kalish BT, Zhang F, Carr SA
+
+Nat Methods. 2018 May 7. doi:10.1038/s41592-018-0007-1
+
+Discovery of proteins associated with a predefined genomic locus via dCas9-APEX-mediated proximity labeling.
+
+[[!pmid 29735997 desc="Genomic locus proteomics (GLoPro) uses dCas9 to localise APEX to specific loci, where it will biotinylate the proteins in proximity."]]