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Science is in the air...
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 5 Jun 2023 10:55:51 +0000 (19:55 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 5 Jun 2023 10:55:51 +0000 (19:55 +0900)
biblio/26166067.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/variants.mdwn

diff --git a/biblio/26166067.mdwn b/biblio/26166067.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4fb52d7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,15 @@
+[[!meta title="Comparative genomics reveals conserved positioning of essential genomic clusters in highly rearranged Thermococcales chromosomes"]]
+[[!tag bacteria variants]]
+
+Matteo Cossu, Violette Da Cunha, Claire Toffano-Nioche, Patrick Forterre, Jacques Oberto
+
+Biochimie. 2015 Nov;118:313-21. doi:10.1016/j.biochi.2015.07.008
+
+Comparative genomics reveals conserved positioning of essential genomic clusters in highly rearranged Thermococcales chromosomes
+
+[[!pmid 26166067 desc="“The comparative genomics analysis presented here
+confirms the initial observation that Thermococcales chromosomes are highly
+rearranged. In these genomes, DNA sequence scrambling has reached such a high
+level that commonly observed prokaryotic chromosomal landmarks such as oriC and
+terC are no longer readily identifiable by measuring DNA composition
+biases.”"]]
index fea909403f8dfebfe226dd2432be3f2a8e524c46..c86aa2dbe1d80b0af1c3bb301f39cb47e8216d47 100644 (file)
@@ -67,7 +67,9 @@ The state of the art in bacterial genomics in 2000 was reviewed by
 
 A mixture of X-shaped dot-plot pattern and scrambling was reported by
 [[Zivanovic and coll. (2002)|biblio/11972326]] in a study of _Pyrococcus_
-genomes.
+genomes.  Scrambling in _Thermococcales_ appears to be fast enough that
+the usual compositional biases on both sides of the origin of replication
+do not have time to establish ([[Cossu and coll., 2015|biblio/26166067]]).
 
 ### Mechanism