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Reorganise and add pseudo-random primers.
authorCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Thu, 19 Apr 2018 01:51:18 +0000 (10:51 +0900)
committerCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Thu, 19 Apr 2018 01:51:18 +0000 (10:51 +0900)
tags/reverse_transcription.mdwn

index f6230ba7be4b646691dec427fa3471938497f825..fcc03633374af2b6457b52b5b21468e6b5b11bcb 100644 (file)
@@ -1,13 +1,17 @@
 [[!meta title="pages tagged reverse transcription"]]
 
-(redaction in progress)
+The reverse transcriptase
+=========================
 
-Additives that increase reaction performance:
+_(redaction in progress)_
+
+## Additives that increase reaction performance:
 
  - Actinomycin D ([[Perocchi et al., 2007|biblio/17897965]]).
- - T4 bacteriophage gene 32 protein (T4gp32, [[Kenzelmann _et al._, 2004|biblio/15028277]], [[Piché _et al._, 2005|biblio/16461948]]).
+ - [[T4 bacteriophage gene 32 protein|ssbp]] (T4gp32, [[Kenzelmann _et al._, 2004|biblio/15028277]],
+   [[Piché _et al._, 2005|biblio/16461948]]).
 
-Reverse-transcriptases have a DNA-dependent DNA polymerase activity.
+## DNA-dependent DNA polymerase activity.
 
  - It is utilised in [[template_switching]] methods to add linkers to first-strand cDNAs.
  - It is also a source of antisense artefacts when the RT makes a second-strand cDNA
@@ -15,16 +19,17 @@ Reverse-transcriptases have a DNA-dependent DNA polymerase activity.
    but not RNA-dependent polymerase activity and is used to suppress these
    artefacts ([[Perocchi et al., 2007|biblio/17897965]], [[Kanamori-Katayama et al., 2011|biblio/21596820]]).
 
-Reverse-transcriptases tolerate terminal mismatches: [[Mizuno et al., 1999|biblio/9973624]].
+## Reverse-transcriptases tolerate terminal mismatches:
+
+ - Reported by [[Mizuno et al., 1999|biblio/9973624]].
+ - Utilised in [[Arnaud et al., 2015|biblio/27071605]] to reduce priming or
+   ribosomal or hemoglobin RNA.
 
-Reverse-transcription primers:
+## Reverse-transcription primers:
 
  - "N15" random pentadecamers: [[Stangegaard et al., 2006|biblio/16708763]].
  - Multi-targeted primers (MTP): [[Adomas et al., 2010|biblio/20716356]].
  - "Not-so random" (NSR) primers: [[Armour et al., 2009|biblio/19668204]].
- - ... and many more (pseudo-random, ...)
-
-[[Single-strand binding proteins|ssbp]] are sometimes added to improve reverse
-transcriptions.
+ - "Pseudo-random" primers: [[Arnaud et al., 2015|biblio/27071605]].
 
 [[!inline pages="tagged(reverse_transcription)" actions="no" limit=0]]