]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Old
authorCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Wed, 1 Nov 2017 08:42:17 +0000 (17:42 +0900)
committerCharles Plessy <plessy@riken.jp>
Wed, 1 Nov 2017 08:42:17 +0000 (17:42 +0900)
biblio/10471753.mdwn [new file with mode: 0644]
biblio/To_Do

diff --git a/biblio/10471753.mdwn b/biblio/10471753.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..495da5a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+[[!meta title="Regulation of average length of complex PCR product."]]
+[[!tag PCR amplification]]
+
+Nucleic Acids Res. 1999 Sep 15;27(18):e23.
+
+Shagin DA, Lukyanov KA, Vagner LL, Matz MV.
+
+Regulation of average length of complex PCR product.
+
+[[!pmid 10471753 desc="Amplify preferentially long PCR product with a single
+primer. Shorter molecules have a higher probability of undergoing
+inhibitory intramolecular interactions. (suppressive PCR)"]]
index c6266c001c68a49cb7c5a64dbd4d9863f4c16134..51e467365069423d1cd1118d2caad4476379f014 100644 (file)
@@ -26,11 +26,6 @@ Review citing the 2 upper articles
 * Says that exponential (65+25 cycles) is more faithful than linear.
 * Limits [dNTP] to produce only 3' cDNA that are a few hundrer base pairs long.
 
-10471753
-Amplify preferentially long PCR product with a single
-primer. Shorter molecules have a higher probability of undergoing
-inhibitory intramolecular interactions.
-
 http://www.plosbiology.org/plosonline/?request=get-document&doi=10.1371%2Fjournal.pbio.0020178
 ggcacgcga/cc => C-box for dro hairy.
 
@@ -61,15 +56,6 @@ Single cell RT-PCR.
 12711698 [amplification] [tracked]
 Uses T3N9 instead of T7dT during all the RT reactions. No 3' bias. Efficient on degraded RNA. Independant of polyadenylation (useful for non-polyA genes, like histones).
 
-12560512 [amplification] [tracked]
-«Semi-linear» Taq polymerase amplification used on the cDNA sample at the labelling step.
-
-14602935 [amplification] [tracked]
-Performs SMART, then exponential PCR, then random-primed klenow labelling.
-
-12398200 [amplification]
-Advocates a systematic round of RNA amplificatin, becaus it reduces interarray variability.
-
 15205470 [libraries] [tracked]
 T4 RNA ligase reaction efficiency improved by PEG and pre-adenylation.
 direct labelling method for big quantities: RNA fragmentation, then T4 RNA ligation of biotinylated oligos.
@@ -580,9 +566,6 @@ In this changing network, most parameters except the clustering coefficient depe
 15899964 [promoters]
 ChIP on chip focused on the preinitiation complexes of the ENCODE regions.
 
-10471753 [amplification]
-Single-primer PCR with a moderate suppressive effect can be used to regulate the product size.
-
 16407397 [enhancers]
 Idenification of conserved enhancers of shh hundreds of kp far of the coding sequence.