]> source.charles.plessy.org Git - source/.git/commitdiff
Emphasis and papers.
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 2 Nov 2020 06:36:39 +0000 (15:36 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Mon, 2 Nov 2020 06:36:39 +0000 (15:36 +0900)
open-source-biologist.mdwn

index a7cabb822fb7b15c295bd579d8ba54e478648cb5..dc03f0adfe17231ab623c4fa14703cbaed453595 100644 (file)
@@ -41,7 +41,7 @@ for FACS-isolated cells, and one for the Fluidigm C1 platform ([Kouno and coll.,
 2019](https://pubmed.gov/30664627)).
 
 I have complemented my work on CAGE with the development of a gene-centred
-technique for detecting promoters, termed Deep-RACE ([Olivarius and coll.,
+technique for detecting promoters, termed **Deep-RACE** ([Olivarius and coll.,
 2009](https://pubmed.gov/19317658), [Plessy and coll.,
 2012](http://dx.doi.org/10.1002/9783527644582.ch4)), which we used to validate
 our discovery of the pervasive expression of retrotransposons detected by CAGE
@@ -63,16 +63,21 @@ demonstrate the expression of haemoglobin in the midbrain ([Biagioli and coll.,
 localisation of RNA in **Purkinje neurons** ([Kratz and coll.,
 2014](https://pubmed.gov/24904046)), and neurogenesis in the mouse olfactory
 epithelium using single-cell CAGE and ATAC-seq techniques. In parallel with
-this promoter-centric work, I have also explored the huge repertoire of the T
-cell antigen receptors.  I also applied the nanoCAGE technology to patient
-samples infected with the human papillomavirus (HPV) ([Taguchi and coll.,
+this promoter-centric work, I have also explored the huge repertoire of the **T
+cell antigen receptors**.  I also applied the nanoCAGE technology to patient
+samples infected with the **human papillomavirus** (HPV) ([Taguchi and coll.,
 2020](https://pubmed.gov/33093512)).
 
 I joined OIST in 2018, to study **the genetic structure and population
-variations** of an animal plankton, _Oikopleura dioica_, that has a genome
-50 time more compact than the human one, which empowers us to sequence
-at chromosomal resolution many individual sampled from all over the
-World.
+variations** of an animal plankton, **_Oikopleura dioica_**, that has a genome
+50 time more compact than the human one, which empowers us to sequence at
+chromosomal resolution many individual sampled from all over the World.  Its
+mitochondria use a different genetic code than ours ([Pichon and coll.,
+2019](https://pubmed.gov/32148763)).  We assembled whole-chromosome sequences
+for the Okinawan _O. dioica_ population ([Bliznina and coll.,
+2020](https://doi.org/10.1101/2020.09.11.292656)), which has 3 pairs of
+chromosomes ([Liu and coll, 2020](https://f1000research.com/articles/9-780/v1))
+like the other dioceous species.
 
 I am also a **Free Software** enthusiast, and contribute to the Debian Med
 project, by **packaging bioinformatics tools**, which are redistributed in