[[!meta title="BioPerl et tests de régression"]]
-Il y a deux semaines, j'ai mis à jour les paquets contentants les modules
-BioPerl [[!debpkg bioperl]] et [[!debpkg bioperl-run]], ce qui a permi de
-continuer le travail sur [[!debpkg gbrowse]], l'une des [[gbrowse navigateurs
-de génome]] disponibles dans Debian.
-
-Comme beaucoup de modules Perl, BioPerl est accompagné d'une batterie de tests
-de régression. Certains d'entre eux néecssitent un connection à des services
-externes, et sont donc désactivés par défaut car l'accès à l'Internet n'est pas
-garanti dans notre [ferme de construction](http://buildd.debian.org). Ils sont
-néanmoins exécutables en passant l'option
+Il y a deux semaines, j'ai mis à jour les paquets contentant les modules
+BioPerl [[!debpkg bioperl]] et [[!debpkg bioperl-run]], ce qui a permis de
+continuer le travail sur [[!debpkg gbrowse]], l'une des [[gbrowse|navigateurs
+de génome]] disponibles dans Debian. Comme beaucoup de modules Perl, BioPerl
+est accompagné d'une batterie de [tests de
+régression](http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Writing_BioPerl_Tests). Certains
+d'entre eux nécessitent un connexion à des services externes, et sont donc
+désactivés par défaut car l'accès à l'Internet n'est pas garanti dans notre
+[ferme de construction](http://buildd.debian.org). Ils sont néanmoins
+exécutables en passant l'option
[DEB_MAINTAINER_MODE](http://lists.debian.org/debian-perl/2009/09/msg00044.html)
lors de la construction du paquet.
BioPerl passe avec succès tous les tests hors-ligne, et une partie des erreurs
en ligne est déjà corrigée dans la [branche de
-dévelopment](https://github.com/bioperl/bioperl-live). Au contraire,
-BioPerl-Run échoue sur les tests Bowtie, DBA, EMBOSS, Genewise, Hmmer, PAML,
-SABlastPlus, TCoffee et gmap-run. Dans certains cas comme EMBOSS, c'est parce
-qu'un programme a été renommé dans Debian. Dans d'autres, en particulier
-[[!debpkg wise DBA et Genewise]], il est beaucoup plus difficile de déterminer
-de quel côté est le problème.
+dévelopment](https://github.com/bioperl/bioperl-live/tree/HEAD/t). Au
+contraire, BioPerl-Run échoue sur les tests Bowtie, DBA, EMBOSS, Genewise,
+Hmmer, PAML, SABlastPlus, TCoffee et gmap-run. Dans certains cas comme EMBOSS,
+c'est parce qu'un programme a été renommé dans Debian. Dans d'autres, en
+particulier [[!debpkg wise desc="DBA et Genewise"]], il est beaucoup plus
+difficile de déterminer de quel côté est le problème.
Les tests de régression sont essentiels pour déterminer si un paquet fonctionne
-ou non sur les plate-formes autres que celles utilisées par l'empaqueteur
-(amd64 dans mon cas). Même les plus simples peuvent être utiles. Dans le
-cas de [[!debpkg t-coffee]], qui fournit un test très simple que j'ai activé
-récemment, cela a montré que les paquets distribués actuellement pour armel
-[[!debbug 631249 desc="ne fonctionnent pas du tout"].
+ou non sur les plates-formes autres que celles utilisées par l'empaqueteur
+(amd64 dans mon cas). Même les plus simples peuvent être utiles. Dans le cas
+de [[!debpkg t-coffee desc="T-Coffee"]], qui fournit un test très simple que
+j'ai activé récemment, cela a montré que les paquets distribués actuellement
+pour armel [[!debbugs 631249 desc="ne fonctionnent pas du tout"].
Exécuter les tests de régression durant la construction du paquet comporte des
avantages, comme d'avoir le résultat automatiquement publié pour toutes les
-architectures via un serveur de journeaux comme buildd.debian.org. Mais cela
-pose aussi d'autres problèmes. Permièrement, cela peut demander d'élargir la
-liste des dépendances de construction. Ainsi, bioperl-run doit dépendre de
-tous les programmes pour lesquels il fournit une interface si on veut le tester
-efficacement. Et dans ce cas particulier, tant que T-Coffee est défectueux sur
-armel, BioPerl-Run ne peut pas être reconstruit sur cette plate-forme.
+architectures via les [journaux de
+construction](https://buildd.debian.org/status/logs.php?pkg=t-coffee&ver=8.99-1).
+Mais cela pose aussi d'autres problèmes. Premièrement, cela peut demander
+d'élargir la liste des dépendances de construction. Ainsi, bioperl-run doit
+dépendre de tous les programmes pour lesquels il fournit une interface si on
+veut le tester efficacement. Et dans ce cas particulier, tant que t-coffee est
+défectueux sur armel, bioperl-run ne peut pas être reconstruit sur cette
+plate-forme.
Deuxièmement, cela ne fournit pas un moyen simple à l'utilisateur de tester un
-paquet installé sur son système. La proposition DEP 8 va à mi-chemin dans ce
-sens, car elle a pour but de tester, au moment de la construction, les
-programmes non pas tels qu'ils sont construits, mais tels qu'ils sont
-empaquetés. C'est un pas dans une bonne direction. Peut-être sera-t-il
-possible de construire sur ce projet de manière à ce qu'un jour on puisse aussi
-tester les paquets binaires. Cela permettrait de faire les tests non pas au
-moment de la construction, mais juste après, et ainsi peut-être d'introduire
-plus de flexibilité dans les dépendances, pour éviter qu'un seul programme
-manquant n'invalide complètement un paquet qui peut l'utiliser de manière
-optionelle.
-
+paquet installé sur son système. La proposition
+[DEP 8](http://dep.debian.net/deps/dep8/) va à mi-chemin dans ce sens, car elle
+a pour but de tester, au moment de la construction, les programmes non pas tels
+qu'ils sont construits, mais tels qu'ils sont empaquetés. C'est un pas dans
+une bonne direction. Peut-être sera-t-il possible de construire sur ce projet
+de manière à ce qu'un jour on puisse aussi tester les paquets binaires. Cela
+permettrait de faire les tests non pas au moment de la construction, mais juste
+après, et ainsi peut-être d'introduire plus de flexibilité dans les
+dépendances, pour éviter qu'un seul programme manquant n'invalide complètement
+un paquet qui peut l'utiliser de manière optionnelle.
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