]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Accession numbers, typos, ...
authorCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Fri, 18 Jun 2021 02:15:00 +0000 (11:15 +0900)
committerCharles Plessy <charles.plessy@oist.jp>
Fri, 18 Jun 2021 02:15:00 +0000 (11:15 +0900)
tags/Ciona.mdwn

index 25dd9e734897410c2e09f7268736b7e0adb7e1df..f8d5002c456c831fe3f118756a7ae75466d51a25 100644 (file)
@@ -20,7 +20,7 @@ during the Pliocene (≈ 3.8 Ma); a recent introgression then happened 15,000
 years ago ([[Roux and coll., 2013|biblio/23564941]]).
 
 The _C. intermedia_ species was described by [[Mastrototaro and coll.,
-2021|biblio/10.1093_zoolinnean_zlaa042]].  It is sister to _C. edwardsi_
+2020|biblio/10.1093_zoolinnean_zlaa042]].  It is sister to _C. edwardsi_
 but their placement regarding to _C. int_ and _robusta_ varies in
 different computations presented in that work.
 
@@ -64,8 +64,9 @@ with respcet to _C. roulei_ ([[Nydam and Harrison, 2010|biblio/20403444]]).
 
 ## Genomes
 
- - _Ciona robusta_ latest genome: version HT ([[Satou and coll.,
-   2019|biblio/31621849]]) is a reassembly of the KS genome using Hi-C and
+ - _Ciona robusta_ latest genome: version HT
+   [GCA_009617815](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_009617815.1/)
+   ([[Satou and coll., 2019|biblio/31621849]]) is a reassembly of the KS genome using Hi-C and
    PacBio additional data, in which over 95 % of the dequences is included in
    chromosomes.  Out of 14 pairs of chromosomes, 10 are metacentric ([[Shoguchi
    and coll., 2005|biblio/15930823]]); the Hi-C contact map suggests that their
@@ -73,7 +74,9 @@ with respcet to _C. roulei_ ([[Nydam and Harrison, 2010|biblio/20403444]]).
    Inter-chromosomal contacts are much more rare in comparison.
 
  - _Ciona intestinalis_: chromosome-level assemblies of two individuals
-   ([[Satou and coll., 2021|biblio/]]) suggests that there are ~20 inversions
+   [GCA_018327805](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_018327805.1)
+   [GCA_018327825](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_018327825.1)
+   ([[Satou and coll., 2021|biblio/33822040]]) suggests that there are ~20 inversions
    (containing at least 3 genes) between the two species.  Some of them are
    not fixed.