]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Café
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Fri, 21 Feb 2020 04:14:04 +0000 (13:14 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Fri, 21 Feb 2020 04:14:04 +0000 (13:14 +0900)
biblio/7511410.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/reverse_transcription.mdwn

diff --git a/biblio/7511410.mdwn b/biblio/7511410.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..df2599b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Fidelity of in vitro DNA strand transfer reactions catalyzed by HIV-1 reverse transcriptase."]]
+[[!tag reverse_transcription template_switching]]
+
+Peliska JA, Benkovic SJ.
+
+Biochemistry. 1994 Apr 5;33(13):3890-5 doi:10.1021/bi00179a014
+
+Fidelity of in vitro DNA strand transfer reactions catalyzed by HIV-1 reverse transcriptase.
+
+[[!pmid 7511410 desc="When the extra base added by the RTase in a template-switching reaction is determined by sequencing, the result does not reflect previous results obrained by primer extension assay (where A >> C on non-capped blunt DNA/RNA ends).  This may be because of the differential efficiency of the RTase to extend a template over various single-base mismatches.  In this assay, T to C and G to C were more frequent than T to A and G to A.  Nevertheless, the experiments support previous evidence that addition is mostly limited to a single nucleotide.  RT reaction: 50 mM Tris-HCl, pH 8.0; 75 mM KCl;, 0.1 mM EDTA; 1 mM DTT; 0.1% Triton X-100; 100 µM each dNTP; 7 mM MgCl2; 200 nM 24-base DNA-40-base RNA primer-template; 700 nM 41-base RNA template 2; 700 nM 42-base RNA template 3; and 100 nM HIV-1 RT in a final volume of 10 µL. When reaction products were to be sequenced, mixtures were incubated at 37 °C for 2 h."]]
index d57c0a65dd738b67d2ba2419d4694fbc2fd060a6..f9dea9a2fa7ceaf416a4d7cc4a4017155646e32a 100644 (file)
@@ -36,9 +36,11 @@ _(redaction in progress)_
 Like other DNA polymerases ([[Clark, 1988|biblio/2460825]]), reverse
 transcriptases have a TdT activity.
 
-Peliska JA, Benkovic SJ.
-
-Mechanism of DNA strand transfer reactions catalyzed by HIV-1 reverse transcriptase.
+Choice of the assay for studying TdT activity can strongly influence the results.
+For instance, [[Pelisca and Benkovic, 1994|biblio/7511410]] showed strong
+discrepancy between radiolabelled primer extension assay and sequencing cDNAs
+that have been further extended.  They suppose that differential tolerance of RT
+to mismatches can be the explanation.
 
  - [[Peliska and Benkovic, 1992|biblio/1279806]] showed that HIV-1 RT adds one
    nucleotide on non-capped oligonucleotide duplexes.   A > G > T > C ratio: