]> source.charles.plessy.org Git - source.git/commitdiff
Café
authorCharles <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 17 Sep 2020 08:48:22 +0000 (17:48 +0900)
committerCharles <charles.plessy@oist.jp>
Thu, 17 Sep 2020 08:48:22 +0000 (17:48 +0900)
biblio/32211845.mdwn [new file with mode: 0644]
tags/Oikopleura.mdwn

diff --git a/biblio/32211845.mdwn b/biblio/32211845.mdwn
new file mode 100644 (file)
index 0000000..be4874e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+[[!meta title="Inferring Tunicate Relationships and the Evolution of the Tunicate Hox Cluster with the Genome of Corella inflata."]]
+[[!tag Oikopleura]]
+
+DeBiasse MB, Colgan WN, Harris L, Davidson B, Ryan JF. 
+
+Genome Biol Evol. 2020 Jun 1;12(6):948-964. doi:10.1093/gbe/evaa060
+
+Inferring Tunicate Relationships and the Evolution of the Tunicate Hox Cluster with the Genome of Corella inflata.
+
+[[!pmid 32211845 desc="210 single-copy orthogroups from 37 tunicates + 10 outgroups.  Questions the annotation (gene name) of the Hox genes in Oikopleura."]]
index 66ac8c68ba9e31bf257230aa98a0abf8425f9eb5..bf2df3f623b2fdcc01d4c5457448bfefba6c757e 100644 (file)
@@ -40,8 +40,10 @@ Phylogeny
    long-branch attraction ([[Tsagkogeorga et al, 2009|biblio/19656395]]).
  - Studies based on 146 genes in 28 species ([[Delsuc et al., 2006|biblio/16495997]]),
    on 798 genes in 28 species ([[Kocot and coll., 2018|biblio/29330139]]),
-   and 258 orthologous proteins from 63 species ([[Delsuc et al., 2018|biblio/29653534]])
-   show that Oikopleuridae is sister to all other tunicates.
+   258 orthologous proteins from 63 species ([[Delsuc et al., 2018|biblio/29653534]]),
+   and 210 single-copy orthogroups from 37 tunicates + 10 outgroups
+   [[DeBiasse and coll., 2020|biblio/32211845]] show that appendicularians are
+   sister to all other tunicates.
  - “The difference between coding sequences was considerably higher in
    comparisons between strains of different oceans than within the Bergen gene
    pool.  We ignore whether and how Oikopleura dioica is subdivided into multiple